Nella gestione di un commercio sul web, l'organizzazione del magazzino rappresenta una delle attività principali: le reali giacenze di magazzino devono essere sincronizzate a quelle del negozio online. Fondamentale è dunque avere una logistica efficiente, capace di organizzare la fase di preparazione ordine, spedizione e consegna, che potrà variare a seconda del prodotto (volumi, peso, tipologia) e della località di destinazione.